Den första kända ägaren till Eneby är Nicolaus de Eneby, som nämns i skrift 1329. Under många hundra år är Eneby en by, som består av minst två gårdar. Den större är ett skattehemman och den mindre ett frälsehemman. Enligt jordeboken 1646 utgör skattehemmanet ett mantal, 33 tunnland, och frälsehemmanet ett halvt mantal, 16 tunnland.

Några av de frälsesläkter som har ägt gårdar i Eneby är Bååt, Ribbing, Oxenstierna, Horn, Wrede Sparre och Tamm. Många av dem var också ägare till det stora granngodset Fånö. 1748 blir båda gårdarna på Eneby frälsehemman med Axel Wrede Sparre på Fånö som ägare.

År 1811 slås gårdarna på Eneby ihop till en skattemässigt fristående enhet och får säteristatus. Förmodligen härrör dagens byggnader från den norra gården. Grunderna till den andra gården syns fortfarande i parken strax söder om huvudbyggnaden.

År 1893 bosätter sig Hugo Hugosson Tamm på Eneby. Han är son till Hugo Tamm på Fånö, som också äger Eneby. När pappan dör 1907 ärver sonen Eneby och granngården Hacksta. De båda gårdarna, och en mindre del av Skjörby, slås nu ihop och sambrukas. Huvudbyggnaden på Eneby blir förvaltarbostad när Hugo Hugosson Tamm och hans hustru Thyra flyttar till en ny huvudbyggnad som de låter uppföra.

Släktbanden till Fånö upphör 1929 när fabrikör Nyström från Stockholm köper Eneby. På 1940-talet blir Amandus Sellberg ny ägare och 1983 tar Rune Gustavsson över gården. Han styckar av och säljer den huvudbyggnad som Tamm uppförde. När Erik Toll köper Eneby 1999 blir det vita huset på höjden åter gårdens huvudbyggnad.

I dag heter fastigheten Hacksta Eneby och består av 273 hektar mark och 150 hektar vatten.